Trong suốt nhiều năm, đã có những tranh cãi liên quan đến mod với Minecraft. Một người bao quanh một mod có tên là GregTech, nhằm mục đích tăng độ khó của Minecraft.[29] Vào năm 2013, nhà phát triển của nó nhận thấy rằng một số công thức nấu ăn được bổ sung của GregTech đã bị ghi đè bởi một mod khác có tên Tinkers 'Construct và cố tình chèn mã vào GregTech, điều này sẽ làm hỏng ứng dụng trò chơi nếu phát hiện ra bất kỳ mod nào khác (chẳng hạn như Tinkers' Construct). Tác giả của cả hai mod sau đó đã giải quyết tranh chấp của họ.[30][31]

Một người khác bao quanh bản mod Bukkit, một API cho phép những người khác cài đặt các bản mod phía máy chủ.[32] Vào năm 2014, trưởng nhóm Bukkit Warren "EvilSeph" Loo (người trước đây đã làm việc cho Mojang) thông báo rằng sự phát triển sẽ ngừng lại và Mojang đã bước vào để cứu dự án.[33] Với thông báo của Mojang, quyền trí tuệ đối với dự án trở nên mơ hồ.[17] Xung đột cấp phép nảy sinh giữa những người tạo ban đầu của Bukkit và những người bảo trì, chủ yếu xoay quanh việc ai "sở hữu" dự án sau khi những người bảo trì chính từ chức. Một người đóng góp chính đã cố gắng rút quyền sử dụng mã của họ trong trò chơi, buộc Bukkit rơi vào trạng thái hư hỏng một thời gian.[34][17][33]

Một cuộc tranh cãi khác xảy ra vào tháng 3 năm 2017, khi công ty mạng ESET của Slovakia tiết lộ rằng 87 ví dụ về phần mềm độc hại trojan horses đã được phân phối thông qua Cửa hàng Google Play dưới vỏ bọc của các bản mod Minecraft. Mục đích của họ là hiển thị mạnh mẽ quảng cáo hoặc lừa người chơi tải xuống các ứng dụng khác. Kết hợp lại, những bản mod giả này đã thu thập được hơn một triệu lượt tải xuống trong ba tháng đầu năm 2017.[35][36]